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L’unité de Recherche “Architecture Et Réactivité de l’ARN” vous donne accès à gratuitement à des logiciels scientifiques :
PARADISE a été créé par Fabrice Jossinet
pym_convrot a été créé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme a un double objectif :
- Conversion des paramètres de rotation d’une convention à une autre
- Enseignement des différentes conventions des paramètres de rotation
Le programme est une suite méthodologique naturelle du programme “convrot” alors que techniquement il est entièrement original et écrit en python. Toutes les conventions possibles d’Euler et d’angles polaires peuvent être utilisées, ainsi que celles en termes de cosinus de direction et en termes de matrices de rotation. Des démonstrations interactives des conventions d’entrée/sortie aident à comprendre les caractéristiques de ces conventions, leurs différences et leurs aspects communs. La présence d’opérations de symétrie et le choix différent de l’orthogonalisation des cellules unitaires peuvent être pris en compte.
Pour une liste d’atomes, définie comme un fichier PDB ou PDBx/mmCIF, le programme peut directement recalculer leurs coordonnées en fonction de la transformation obtenue (rotation + translation).
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows, mais il fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant Python installé indépendamment (versions 2.6 – 2.7), avec la bibliothèque wxPython.
Lorsque l’interface graphique PHENIX est installée, on peut également exécuter le programme en tapant la commande pym_convrot_280719.py
Aucune installation n’est nécessaire après le téléchargement de pym_convrot_280719.
Télécharger (fichier source en wxPython + fichiers d’aide en .pdf : pym_convrot.zip)
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme définit la résolution effective d’un ensemble de réflexions, quelle que soit sa complétude.
Par définition, la résolution effective d_effective coïncide avec la résolution la plus élevée, d_haute, pour tout ensemble de données complet et est différente (généralement inférieure) pour un ensemble de données incomplet.
Pour les ensembles de données anisotropes, on détermine à la fois la résolution la plus élevée et la résolution la plus faible, selon la direction. Les directions correspondantes sont également identifiées.
Le programme définit également la résolution optique minimale et maximale avec les valeurs des amplitudes/intensités de ces réflexions
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows et fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant les bibliothèques Python (à partir de la version 2.6), wxPython et Numpy installées indépendamment.
Lorsque l’interface graphique PHENIX est installée, on peut également exécuter le programme en tapant ma commande efresol_3_1.py
Aucune installation n’est nécessaire après le téléchargement de efresol_3_1.py.
Téléchargement
- source file in wxPython : efresol_3_1.py
- MTZ example files : data_IF2_GDP_pH65.mtz and data_IF2_APO_wt.mtz
- readme file : efresol_readme.pdf
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme compare deux cartes cristallographiques ou cryoEM (synthèses de Fourier) calculées dans le même ensemble de nœuds de la grille. Les métriques utilisées par le programme sont inspirées par une comparaison visuelle de deux cartes de ce type. Pour la comparaison, chaque nœud de grille est caractérisé par son rang de quantile qui est une caractéristique intrinsèque d’une isosurface et qui ne change pas avec une échelle monotone, linéaire ou non. La fonction de divergence calculée montre la différence normalisée entre les régions choisies dans ces cartes en appliquant le même seuil de rang quantile. Les corrélations des pics montrent la similarité des pics, également mis à l’échelle dans les rangs quantile, à l’intérieur de ces régions sélectionnées.
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows et fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant les bibliothèques Python (à partir de la version 2.6), wxPython et Numpy installées indépendamment.
Lorsque le GUI PHENIX est installé, on peut également exécuter le programme en tapant la commande COMPaRS.py
Aucune installation n’est nécessaire après le téléchargement de COMPaRS.py.
Téléchargement
- source file in wxPython : COMPaRS.py
- Example files : if2_53_m41_2A.xplor and if2_53_m53_2A.xplor
- readme file : COMPaRS_readme.pdf
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Urzhumtseva, L., Afonine, P.V., Adams, P.D., Urzhumtsev, A. (2009) “Crystallographic model quality at a glance”. Acta Cryst., D65, 297-300
Objectif du programme
Ce programme montre qualitativement si certains paramètres des modèles sont sur- ou sous-affinés ; Il compare les caractéristiques des modèles avec celles des modèles précédemment affinés.
Le programme nécessite que votre ordinateur soit équipé des bibliothèques standard Tcl/tk (Windows, Linux, MacOSX).
Pour installer le programme, placez le fichier polygon0612.tcl dans un répertoire quelconque, dézippez pdb_2009-04-29_ord.zip et regardez ensuite le fichier polygon_readme_2.
Le troisième fichier, polygon_pdb-mvd-examples.zip , contient des exemples de fichiers que POLYGON peut traiter en complément de la base de données
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows mais il fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Des versions Python à partir de la version 2.6 sont nécessaires.
Le programme peut être exécuté en utilisant les bibliothèques Python et wxPython installées indépendamment.
Lorsque l’interface graphique PHENIX est installée, on peut également exécuter le programme en tapant la commande fobscom2_1.py
Pour installer le programme, copiez les fichiers fobscom2_1.py et fam.itc dans n’importe quel répertoire.
Téléchargement
- fichier source en Tcl : polygon0612.tcl
- base de données : pdb_2009-04-29_ord
- documentation du logiciel : polygon_readme_2
- exemples : polygon_pdb-mvd-examples
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Urzhumtseva, L., Urzhumtsev, A. (2008) “Program CRYC3D for geometric computing in crystallography : teaching and applications”. J. Appl.Cryst., 41, 479-480
Objectif du programme
La calculatrice cristallographique fonctionne avec divers objets 3D (ou listes de théis) exprimés en coordonnées cartésiennes ou cristallographiques (fractions) ou définis dans l’espace réciproque.
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
Le programme nécessite que votre ordinateur soit équipé des bibliothèques standard Tcl/tk (Windows, Linux, MacOSX). Si ce n’est pas le cas, elles sont disponibles gratuitement sur un certain nombre de sites, par exemple
- http://www.tcl.tk/software/tcltk/
- http://ankif.free.fr/info
ou d’autres et automatiquement installés.
Pour installer le programme, placez le fichier cryc3D_v4.tcl dans n’importe quel répertoire de votre ordinateur.
IMPORTANT : La première ligne du fichier cryc3D_v4.tcl doit indiquer le chemin d’accès correct à la commande “wish” des bibliothèques Tcl/tk – veuillez corriger si ce n’est pas le cas.
Téléchargement
- fichier source en Tcl : cryc3D_v4.tcl
- documentation du logiciel : cryc3D-demo.ppt
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Urzhumtseva, L.M., Urzhumtsev, A.G. (1997) “Tcl/Tk based programs. II. CONVROT : program to recalculate different rotation descriptions”. J.Appl. Cryst., 30, 402-410
